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基于GEO数据库芯片的致心律失常性右室心肌病关键基因筛选与生物信息学分析
基于GEO数据库芯片的致心律失常性右室心肌病关键基因筛选与生物信息学分析
作者:
常龄予
张士涵
梁士楚
沈兵
王翠
赵韧
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
致心律失常性右室心肌病
关键基因
GEO数据库
生物信息分析
摘要:
目的:寻找致心律失常性右室心肌病(ARVC)发病关键基因.方法:从GEO数据库获得人类ARVC现有信息芯片,筛选出ARVC心肌和正常心肌间差异基因.通过David数据库进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,利用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络.结果:共鉴定出101个差异基因,包括40个上调基因和61个下调基因.GO分析显示,P<0.01且基因数>10的生物过程(BP)包括炎症反应和信号转导,细胞组分(CC)包括细胞膜、细胞外空间和细胞外区域.KEGG分析显示,P<0.01的通路为肿瘤坏死因子(TNF)信号通路.经过PPI分析筛选得出10个关键基因:白细胞介素6(IL-6)、CCL2、AIF1、CD 14、CCR1、FCER1G、FPR1、PTGS2、S100A9和S100A8.结论:ARVC的发生发展可能与炎症机制密切相关,可作为潜在的治疗靶点为ARVC进一步研究提供依据.
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篇名
基于GEO数据库芯片的致心律失常性右室心肌病关键基因筛选与生物信息学分析
来源期刊
临床心血管病杂志
学科
医学
关键词
致心律失常性右室心肌病
关键基因
GEO数据库
生物信息分析
年,卷(期)
2020,(6)
所属期刊栏目
心律失常
研究方向
页码范围
516-522
页数
7页
分类号
R542.2
字数
语种
中文
DOI
10.13201/j.issn.1001-1439.2020.06.006
五维指标
作者信息
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赵韧
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关键基因
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研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
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期刊影响力
临床心血管病杂志
主办单位:
华中科技大学心血管病研究所
华中科技大学协和医院
出版周期:
月刊
ISSN:
1001-1439
CN:
42-1130/R
开本:
大16开
出版地:
武汉解放大道1277号
邮发代号:
38-123
创刊时间:
1985
语种:
chi
出版文献量(篇)
7573
总下载数(次)
19
总被引数(次)
38454
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