目的:运用系统药理学方法,整合中医药大数据,探讨黄连-吴茱萸药对治疗胃肠道疾病的作用机制.方法:在中药系统药理学分析平台(platform for systematic pharmacology analysis of traditional Chinese medicine,TCMSP)分别检索“黄连”“吴茱萸”获得其化学成分,以口服生物利用度(bioavailability,OB)、类药性(drug-likeness,DL)、Caco-2渗透率为指标筛选其活性成分,并通过文献检索补充不满足上述条件的黄连-吴茱萸药对活性成分或质量标志物;采用TCMSP、PharmMapper、GAD、TTD等数据库获取成分和胃肠道疾病相关靶标;运用生物学信息注释数据库(biological information annotation database,DAVID)对靶标进行通路注释和功能富集分析.构建成分、靶标、疾病、通路相互作用网络并进行可视化分析.结果:通过数据库和文本挖掘共筛选得到黄连-吴茱萸药对中与胃肠道疾病相关成分38个,涉及PTGS1、PTGS2、NOS2A、SLC64A、F2、MMP3等42个作用靶标,通过调控炎症性肠病、癌症通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤坏死因子信号通路等20条信号通路发挥治疗胃肠道疾病的作用机制.结论:黄连-吴茱萸药对治疗胃肠道疾病具有多通路、多靶点的特点,为该药对及其相关中药制剂的研究提供思路和参考.