单管直扩38重祖先信息InDels体系的构建及其在微流控芯片系统的应用

• 作者: 吴瑾 庄斌 李唐松 李彩霞 江丽 王庆国 谢何鑫 赵丽健 赵蕾 韩俊萍
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 医学
• 关键词: 法医物证学 插入-缺失多态性 祖先信息位点 微流控芯片
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 968-981
• 页数: 14页
• 分类号: R89|D919.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16476/j.pibb.2020.0020

摘要

本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以辅助未知样本的性别鉴定,采用PCR-CE技术构建了可以区分三大洲际人群的单管直接扩增复合检测体系,该体系可与微流控芯片系统相结合,1.7h内完成DNA样本自动化扩增和电泳分型.利用公共数据库1000Genomes中16个人群1 607名个体的分型数据对筛选的38个InDel位点进行初步评估;同时对构建的38-plex InDels体系的灵敏度、准确性、直接扩增能力进行验证评估;检测5种不同人群的779份样本和215份唾液卡、血卡的直接扩增样本,采用聚类分析和主成分分析方法,评价体系的推断准确性.结果表明该38-plex InDels复合检测体系分型准确,灵敏度达157 pg,能够对唾液卡和血卡直接扩增,可以区分三大洲际人群及其混合人群,能够准确推断待测样本的族群来源、估算祖先成分,且通过集成细胞裂解步骤将有望2h实现“样本进-结果出”式快速自动化InDel分型.