前列腺癌差异表达基因的分析及其miRNA和lncRNA的预测

• 作者: 余鹏 宋咏刚 曾柱 王赟 石玉玲 胡文慧 胡祖权 赵雪
• 来源期刊: 贵州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 前列腺肿瘤 基因表达调控 miRNA 计算生物学 lncRNA
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 161-168
• 页数: 8页
• 分类号: R392
• 字数: 3458字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19367/j.cnki.1000-2707.2020.02.007

摘要

目的:筛选前列腺癌的差异表达基因及其上下游的调控分子.方法:通过TCGA数据库和GEO数据库,经RSudio软件分析得到差异基因(DEGenes);采用STRING工具构建差异基因的相互作用网络、CYTO-SCAPE软件筛选核心模块,并对差异基因进行GO和KEGG分析,运用mirDIP数据库预测核心基因的miRNA,登录STARBASE对miRNA进行生存分析并预测其lncRNA.结果:筛选出前列腺癌的差异表达基因共137个,GO分析结果显示有23个富集结果,KEGG分析有20个通路被富集;对7个核心差异基因进行分析,预测出2个与总体生存率相关的miRNA,这些miRNA有4个对应的lncRNA;最后构建lncRNA-mRNA互作网络.结论:从生物信息学角度对前列腺癌的差异基因进行筛选和分析,筛选出前列腺癌发生过程中的关键基因及其上下游的调控分子.