前列腺癌不良预后相关差异甲基化基因筛选

• 作者: 张国勇 李猷 柳东辉
• 来源期刊: 中国医药生物技术
• 关键词: 前列腺癌 甲基化 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 411-417
• 页数: 7页
• 字数: 3792字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-713X.2020.04.013

摘要

目的 识别与前列腺癌不良预后相关的差异甲基化基因,为寻找治疗靶点提供数据支持.方法 利用GEO数据库的4个前列腺癌基因芯片数据集GSE46602、GSE69223、GSE6919和GSE32269进行差异基因的筛选,并与TCGA数据相比对.通过David数据库对其进行功能富集分析.采用String数据库构建了基因编码蛋白之间PPI网络,随后利用Cytoscape软件进行分析并实现可视化.通过TCGA甲基化数据,考量基因的甲基化水平,并利用临床数据观察其差异表达对预后的影响.结果 GEO数据库筛选得到差异基因600个,与TCGA数据比对后,得到差异基因301个.激活了癌症、pI3K-Akt和cGMP-PKG信号通路.构建PPI网络,分析出10个网络关键节点,进一步做差异甲基化分析,发现过表达基因EZH2、TOP2A、GTSE1和HOXC6存在启动子区低甲基化情况,低表达基因CAV1启动子区高甲基化.其中基因EZH2、GTSE1和HOXC6的过表达与前列腺癌的不良预后相关.结论 选取不同平台的前列腺癌数据,通过生物信息学分析,筛选出与不良预后相关的差异甲基化基因,为前列腺癌治疗提供新的分子靶点.