基于多数据库分析外泌体基因在肝细胞癌中的表达及其意义

• 作者: 吴泽华 孙传东 席跃 徐文迪 武杰
• 来源期刊: 精准医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 癌,肝细胞 外泌体 计算生物学 基因表达 RNA,信使 RNA,长链非编码 微RNAs 预后 功能分析 生物标记,肿瘤
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 354-358
• 页数: 5页
• 分类号: R735.7|R319.1
• 字数: 3213字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13362/j.jpmed.202004018

摘要

目的 通过对多个数据库中筛选出的肝细胞癌(HCC)患者癌组织和血液中外泌体差异表达基因的分析,挖掘与HCC预后密切相关的外泌体关键基因,并揭示HCC发展的分子机制.方法 应用GEO、TCGA以及exoRbase数据库筛选出HCC患者癌组织和血液中差异表达的外泌体基因,并通过Survival R语言程序获得与预后密切相关的关键基因,通过构建CeRNA网络对关键基因进行可视化分析,并应用基因富集分析(GSEA)对关键基因进行功能预测.结果 从GEO、TCGA及exoRbase数据库中筛选出HCC癌组织及血液中差异表达的外泌体mRNA 38个,lncRNA 23个,miRNA 274个,进一步确定了与预后密切相关的8个外泌体关键基因,即lncRNA GTF2IRD2P1、hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-206、hsa-miR-613、PTMA、CDC42、HNRNPA3、STK4;通过构建CeRNA网络,发现hsa-miR-613可分别竞争性结合lncRNA GTF2IRD2P1、CDC42、PTMA、HNRNPA3,hsa-miR-206可分别竞争性结合lncRNA GTF2IRD2P1、CDC42、PTMA与HNRNPA3,hsa-miR-23b-3p可竞争性结合lncRNA GTF2IRD2P1与STK4;GSEA功能富集分析结果显示,这些关键基因主要与"器官或组织特异性免疫应答"和"囊泡内吞过程"功能相关.结论 通过生物信息学方法分析筛选出与预后相关的外泌体关键基因,并构建了CeRNA网络以明确其调控关系,为探讨HCC发展的分子机制提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙传东	青岛大学附属医院肝胆胰外科	44	132	5.0	9.0
2	武杰	青岛大学附属医院肝胆胰外科	10	19	4.0	4.0
3	席跃	青岛大学附属医院肝胆胰外科	5	4	1.0	2.0
4	吴泽华	青岛大学附属医院肝胆胰外科	6	0	0.0	0.0
5	徐文迪	青岛大学附属医院肝胆胰外科	1	0	0.0	0.0