肝癌增强子-miRNA调控作用对的识别与特征分析

• 作者: 唐飞 王文著 郎梅 郭志云
• 来源期刊: 中国肿瘤生物治疗杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 增强子 微小RNA 转录因子 肝癌
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 781-786
• 页数: 6页
• 分类号: R735.7|R730.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3872/j.issn.1007-385x.2020.07.010

摘要

目的:探讨肝癌和正常肝组织中增强子与miRNA形成的调控关系及调控miRNA的增强子的特征,筛选出由增强子调控的差异表达miRNA并探讨其与肝癌治疗靶点的相关性.方法:基于TCGA与FANTOM5数据库,对肝癌和正常肝组织中共417个样本的增强子与miRNA进行共表达与3D基因组分析得到调控关系.通过ENCODE数据库中肝癌与正常肝组织的组蛋白修饰与转录因子的ChIP-seq数据分析调控miRNA的增强子上信号值的差异.筛选由增强子调控的差异表达的miRNA,并对患者的生存期与治疗靶点进行相关性分析.结果:在肝癌与正常肝组织中分别识别增强子-miRNA作用对93对和40对.ChIP-seq数据比对分析发现,肝癌中组蛋白修饰H3K27ac、H3K4me1和H3K4me3信号在调控miRNA增强子区域显著高于不调控miRNA的增强子区域(|rho|>0.3,P<0.05);多种转录因子在肝癌相关增强子中的富集显著低于正常肝组织(|rho|>0.3,P<0.05).对增强子调控的miRNA进行差异表达分析,识别了6个与肝癌患者生存相关miRNA(hsa-miR-4664、hsa-miR-5003、hsa-miR-1915、hsa-miR-3619、hsa-miR-4745、hsa-miR-6728),发现这些miRNA与87个用于靶向治疗的基因以及8个免疫检查点基因显著相关(|rho|>0.1,FDR<0.05).结论:成功在肝癌中识别出增强子-miRNA调控作用对与调控miRNA的增强子的特征,并筛选出由增强子调控的与肝癌患者生存和治疗靶点相关的miRNA,为后续深入开展肝癌的基础与临床研究提供了参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭志云	西南交通大学生命科学与工程学院	14	41	4.0	6.0
2	唐飞	西南交通大学生命科学与工程学院	4	5	2.0	2.0
3	王文著	西南交通大学生命科学与工程学院	1	0	0.0	0.0
4	郎梅	西南交通大学生命科学与工程学院	2	0	0.0	0.0