基于沙门氏菌全基因组的耐药基因与耐药质粒筛查

• 作者: 卢洁元 李睿 赵巍薇 赵康
• 来源期刊: 武汉轻工大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 沙门氏菌 全基因组测序 耐药基因 耐药质粒
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 科学研究
• 页码范围: 20-25
• 页数: 6页
• 分类号: R155.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-7386.2020.04.004

摘要

沙门氏菌是一种重要的食源性病原菌,其耐药性普遍,对食品安全和人类健康造成巨大威胁.采用Illumina Miseq×10平台对一株食源性沙门氏菌进行高通量测序,利用SOAP de-novo2组装测序原始序列得到了完整的基因组序列,通过与6大数据库比对(EggNOG、GO、KEGG、NR、Pfam、Swiss-Prot),将得到的基因进行功能注释.采用ResFinder3.2软件筛查耐药基因,使用PlasmidFinder软件筛查质粒并绘制质粒基因图谱和结构图谱.结果表明,此株沙门氏菌携带了包括六大类抗生素中共计13种与耐药相关的基因,其中合成类(喹诺酮类)耐药基因数量最多.并且筛查到的质粒并不含耐药基因,说明该沙门氏菌的耐药基因都在染色体上,而不在可移动遗传元件上,属于固有耐药.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李睿		19	27	3.0	4.0
2	卢洁元		2	0	0.0	0.0
3	赵康		2	0	0.0	0.0
4	赵巍薇		2	0	0.0	0.0