'永泰'杨梅亲本鉴定及其单核苷酸多态性遗传变异分析

• 作者: 倪海枝 王引 胡丹 陈方永 颜帮国
• 来源期刊: 浙江大学学报（农业与生命科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 杨梅 亲缘关系 单核苷酸多态性标记开发 变异
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 园艺学
• 页码范围: 708-717
• 页数: 10页
• 分类号: S667.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-9209.2020.06.231

摘要

采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究'永泰'和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究.根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic similarity,GS),得出'永泰'与亲本'硬丝'的GS为0.99783.系统进化树构建结果表明,10个品种分为2组,其中:'黑晶''东岙早梅''乌紫''荸荠''木叶'5个品种聚为一组;'早大梅''早佳''软丝''永泰''硬丝'5个品种聚为一组,且'硬丝'与变异品种'永泰'聚为一小支.同时,'永泰'在叶片大小、叶缘、叶脉等形态学性状和果实口感上与亲本存在显著差异.通过'永泰'与参考基因组对比注释,共得到4660个单核苷酸变异位点.根据研究结果推断,'永泰'叶片和果实产生显著形态变异的原因可能是SNP位点产生了转换和颠换以及核苷酸序列发生了突变.由此可见,'永泰'既有亲本'硬丝'的基本特征,也有与其形态学和果实口感上存在的典型差异.