特发性肺间质纤维化中长链非编码RNA及转录因子的生物信息学挖掘

• 作者: 王凡 李培 许芳 李风森
• 来源期刊: 中国呼吸与危重监护杂志
• 关键词: 特发性肺间质纤维化 长链非编码RNA 转录因子 基因表达
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 间质性肺疾病|Interstitial lung disease
• 页码范围: 554-562
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.7507/1671-6205.201909064

摘要

目的 应用生物信息学分析的方法探讨特发性肺间质纤维化(IPF)中差异表达的长链非编码RNA (lncRNAs)及转录因子(TFs).方法 从NCBI基因表达芯片数据库(GEO)下载与IPF相关的三个基因表达谱(GSE2052、GSE44723以及GSE24206),根据NCBI Gene数据库及GENCODE v7数据库的基因注释信息,将下载的数据进行注释合并.然后应用R软件(3.6.0版本)的limma包,筛选出差异表达的基因(表达倍数＞1或＜-1,且P＜0.05),并构建基因表达相关网络,采用R软件clusterProfiler包对差异表达的lncRNA及TFs进行功能富集分析,以推测其生物学功能.应用实时荧光定量聚合酶链反应验证筛选基因在IPF患者中的表达.结果 筛选出8483个差异表达的基因,其中3个GEO数据集中共有29个共同差异表达的基因,采用功能及通路富集分析注释差异表达的基因,通过蛋白质-蛋白质互作网络获得18个模块,主要涉及多聚泛素、高尔基小囊泡转运、胞内吞等功能.采用超几何检验的方法获得IPF中差异表达的lncRNAs和TFs,并且相应的基因主要涉及泛素化介导的蛋白质水解、剪切体以及细胞周期等.其中的lncMALAT1、E2F1以及YBX1在IPF患者外周血中出现差异表达.结论 lncMALAT1、E2F1以及YBX1可能是IPF发病和进展的调控基因,可为IPF的诊断治疗提供新途径.