生物信息学筛选骨髓增生异常综合征相关长链非编码RNA

• 作者: 刘建辉 刘方怡 周根鸿 李春林 鲍美华
• 来源期刊: 中国临床药理学与治疗学
• 关键词: 骨髓增生异常综合征 长链非编码RNA 差异基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1351-1356
• 页数: 6页
• 分类号: R551|R311
• 语种: 中文
• DOI: 10.12092/j.issn.1009-2501.2020.12.005

摘要

目的:利用生物信息学手段,分析筛选骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)相关的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),并预测其功能.方法:利用基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)中的GEO2R工具,筛选数据集GSE145733中与MDS相关的差异表达lncRNA.利用miRDB网络分析平台和Cytoscape软件,分析与差异表达lncRNA关联的微小RNA(microRNA,miRNA)和信使RNA(mRNA),构建lncRNA-miRNA-mRNA关系网络.并利用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,预测这些lncRNA的功能.结果:经差异分析后,筛选出5个在骨髓增生异常综合征患者中显著降低的lncRNA.这五种lncRNA主要与19种miRNA和84种mRNA显著关联.主要影响MDS相关的物质合成与转运、基因转录等生物学过程,并与神经系统功能密切相关.结论:本研究揭示了MDS患者lncRNA的表达特征,并预测了其功能,结果将为MDS的精准治疗提供新靶点.