乳腺癌相关长链非编码RNA的生物信息学分析

• 作者: 吴立春 张开炯 张莉 杭永伦
• 来源期刊: 肿瘤预防与治疗
• 学科: 医学
• 关键词: 长链非编码RNA 乳腺癌 基因芯片 生物信息学 生物标记物
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 应用基础研究
• 页码范围: 305-312
• 页数: 8页
• 分类号: R737.9
• 字数: 3807字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-0904.2018.05.001

摘要

目的:应用生物信息学筛选乳腺癌基因芯片中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)并探讨其在乳腺癌中的表达情况.方法:从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共基因芯片数据平台(gene expression omnibus,GEO)下载乳腺癌lncRNA基因芯片数据集GSE33447,包含8对乳腺癌组织及其对应癌旁非肿瘤组织,采用R语言Limma函数包筛选乳腺癌差异表达的lncRNA,并用Benjamini&Hochberg错误发现率(false discovery rate,FDR)对原始P值进行多重矫正,采用NONCODE生物信息学网站对lncRNAs进行重新注释,采用starbase 2.0对差异表达的lncRNAs靶基因进行靶向预测,并进一步用DAVID数据库对靶基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和KEGG信号通路富集分析,最后分别选取3个高表达和3个低表达的lncRNA,采用qRT-PCR的方法验证其在乳腺癌组织中的表达.结果:与正常组织相比,乳腺癌中227个lncRNA存在明显差异表达(Fold change≥2.0,adj.P＜0.05),其中135个lncRNA表达上调,92个lncRNA表达下调.采用NONCODE对227个差异表达的lncRNA重新注释后发现,47个lncRNA存在明显差异表达,其中17个lncRNA表达上调,30个lncRNA表达下调.通过GO和KEGG信号通路富集分析发现,差异表达的lncRNAs广泛地参与了基因的转录及转录后调控等生物学进程以及PI3K-Akt、Ras、TNF以及p53等信号通路.采用qRT-PCR的方法检测3个高表达(MNX1-AS1、MIAT、HOXA11-AS)和3个低表达(PGM5-AS1、LINC00908、AC226118.1)lncRNA的表达水平,发现乳腺癌组织中MNX1-AS1、MIAT和HOXA11-AS表达水平明显高于其癌旁非肿瘤对照组,而PGM5-AS1、LINC00908和AC226118.1在乳腺癌组织中的表达水平明显低于癌旁非肿瘤对照组(P值均＜0.05),差异有统计学意义,其结果与基因芯片筛查结果一致.结论:使用生物信息学方法筛选乳腺癌相关的lncRNAs可能为乳腺癌新型肿瘤标志物的筛选提供新的策略.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张开炯	西南医科大学附属医院检验科	9	39	4.0	5.0
2	杭永伦	西南医科大学附属医院检验科	5	7	2.0	2.0