基于生物信息学方法的SARS-CoV-2和MERS-CoV差异表达基因分析

• 作者: 付静璇 安海龙 屈畅 贾钧儒
• 来源期刊: 军事医学
• 学科: 医学
• 关键词: 表达差异分析 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 中东呼吸综合征冠状病毒 肿瘤坏死因子信号通路 肿瘤坏死因子α诱导蛋白3
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 746-754
• 页数: 9页
• 分类号: R373.19|Q811.4|Q786
• 语种: 中文
• DOI: 10.7644/j.issn.1674-9960.2020.10.006

摘要

目的 旨在筛选严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染人体后的关键基因,探究其发病机制,为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的诊疗提供理论依据.方法 对SARS-CoV-2和中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)感染人体后的基因表达进行差异分析,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析差异基因或蛋白的功能注释和信号通路.在Cytoscape中构建SARS-CoV-2差异基因的蛋白相互作用网络,通过权重值(weight)比较选取前30作为关键基因.结果 发现肿瘤坏死因子(TNF)信号通路在MERS-CoV感染的多个时间点及SARS-CoV-2中均有显著富集,并发现TNF信号通路的相关基因肿瘤坏死因子α诱导蛋白3(TNFAIP3)在差异基因中连接性较强.结论 对MERS-CoV和SARS-CoV-2差异基因表达进行分析,找出SARS-CoV-2的关键基因TNFAIP3,推测通过调节其表达水平从而抑制炎症反应,为缓解或治疗COVID-19提供新的思路.