16S与gyrB基因联合建树快速鉴定海水中的一株地衣芽胞杆菌

• 作者: 傅奇 卢源钦 林俊杰 甘美裕 肖玉娟
• 来源期刊: 海洋科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 16S gyrB 进化树 地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis)
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 90-95
• 页数: 6页
• 分类号: Q939
• 语种: 中文
• DOI: 10.11759/hykx20191018002

摘要

在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析.为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将海洋来源的一株杆菌,分别用通用引物扩增16S和gyrB基因并测序,在GeneBank进行序列比对后,选择各菌种保藏中心16S和gyrB基因均相似的菌株,取16S和gyrB基因序列,采用Paup* 4.0构建进化树.使用16S与gyrB拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株均很好的聚合在一枝,种间分枝自展值均高于98,分类结构准确,筛选得到的杆菌与地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis)聚合在一枝,自展值为100,鉴定为地衣芽胞杆菌.经生理生化试验验证,该菌株与地衣芽胞杆菌特征完全一致,使用16S和gyrB基因联合建树得到的鉴定结果准确且快速简便.