基于MethylMix法探索结肠癌甲基化驱动基因

• 作者: 于恩达 康争春 朱良亮 闫飞虎
• 来源期刊: 海军医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 结肠癌 DNA甲基化 驱动基因
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 29-32,55
• 页数: 5页
• 分类号: R735.35
• 字数: 3055字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0754.2020.01.011

摘要

目的 应用MethylMix法,筛选结肠癌甲基化驱动基因,分析其潜在功能及通路.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)下载结肠腺癌甲基化阵列及表达谱数据,在R3.5.0环境下,利用MethylMix R包对结肠腺癌甲基化驱动基因进行挖掘,将有显著差异并与基因表达显著相关的基因看成甲基化驱动基因,最后对筛选的甲基化驱动基因进行功能及通路富集分析,分析其潜在的生物学功能及通路.结果 基于MethylMix算法,共发现323个甲基化驱动基因,包括ZNF43、FAM72B、CAHM等,通过对甲基化驱动基因的功能富集分析显示,发现这些甲基化驱动基因可能与转录的调控、DNA模板、结合DNA、核酸结合、代谢途径、癌症途径等信号有关.结论 基于MethylMix法探索甲基化驱动基因的方法是科学、高效的,本研究发现的甲基化驱动基因为结肠癌表观遗传学调控机制提供了参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	康争春	海军军医大学附属长海医院肛肠外科	10	13	2.0	3.0
2	朱良亮	海军军医大学附属长海医院肛肠外科	4	2	1.0	1.0
3	闫飞虎	海军军医大学附属长海医院肛肠外科	5	3	1.0	1.0
4	于恩达	海军军医大学附属长海医院肛肠外科	9	20	3.0	4.0