药用植物罗布麻的转录组测序及分析

• 作者: 张瑞瑞 杨莎 王琪 赵雪艳
• 来源期刊: 分子植物育种
• 关键词: 罗布麻(Apocynum venetum) 转录组 黄酮类化合物 SSR
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 基因组学及功能基因
• 页码范围: 2503-2511
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13271/j.mpb.018.002503

摘要

为了获得罗布麻转录组信息,研究罗布麻中功能基因的表达以及分子标记的开发,本研究采用Illumina HiSeq2000高通量测序技术对罗布麻进行转录组测序及分析.通过过滤掉低质量的读序,共获得26 148 138个高质量的读序,组装得到61 538个Unigene序列.其中,有25 296个Unigene在公共数据库中得到注释.通过KEGG分析,共发现29个Unigene参与活性成分(黄酮类)生物合成.检测出单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点13 524个.本研究结果分析了参与黄酮类化合物合成的相关基因以及潜在的SSR位点,为进一步研究罗布麻次生代谢产物合成的功能基因的挖掘、分子标记的开发以及资源利用提供有用的信息.