应用高通量测序研究人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞基因表达的影响

• 作者: 刘兆喆 李秋华 汪天青 鞠伶伟
• 来源期刊: 中国中医药信息杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 乳腺癌 人参皂苷Rh1 SKBR3细胞 高通量测序
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 48-53
• 页数: 6页
• 分类号: R285.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.19879/j.cnki.1005-5304.202003727

摘要

目的 观察人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞基因表达的影响,筛查人参皂苷Rh1干预下乳腺癌SKBR3细胞中差异表达的基因.方法 对乳腺癌SKBR3细胞进行样本准备,获得去rRNA链特异性转录组;测序获得原始图像文件经碱基识别后转化为原始序列文件;通过质量分析评估测序数据是否适合进行生物信息学分析,应用剪切转录产物比对软件(STAR)对测序数据与参考基因组进行比对;基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库,对人参皂苷Rh1干预下乳腺癌SKBR3细胞基因的表达及差异基因的表达进行分析.结果 高通量测序共筛查出基因26978个,其中根据NCBI数据库注释为mRNA的基因19229个,注释为lncRNA的基因4385个,高通量测序结果表明差异表达基因6580个,以Fold change>1为上调,<-1为下调,上调差异基因3403个,其中差异表达显著基因为小整合膜蛋白11A(SMIM11A)、嘌呤能受体P2X1(P2RX1)、碳酸酐酶9(CA9)、磷脂酰肌醇-3激酶催化亚基 δ 核糖核酸2(PIK3CD-AS2)、血管活性肠肽受体2(VIPR2)、非特征LOC100506314(LOC100506314)、长基因间非蛋白编码核糖核酸1389(LINC01389)、表皮生长因子受体激酶底物8-样蛋白3(EPS8L3)、视网膜筋膜基因2(FSCN2)、肠壁碱性磷酸酶(ALPI);下调差异表达基因3177个,其中差异表达显著基因为溶质载体家族1成员3(SLC1A3)、羟基类固醇17-β 脱氢酶1(HSD17B1)、碳水化合物磺基转移酶11(CHST11)、溶质载体家族25成员51(SLC25A51)、β-1,3-半乳糖基转移酶6(B3GALT6)、非特征LOC101929882(LOC101929882)、δ 连环蛋白家族成员(ARVCF)、蛋白磷酸酶2A催化亚基 α(PPP2CA)、星形胶质细胞上调基因-1(AEG1)、磷脂酰肌醇-4-激酶B(PI4KB).结论 应用高通量测序技术可筛查出人参皂苷Rh1对乳腺癌SKBR3细胞增殖相关的差异性表达基因,并对筛选出的重要基因进行总结和分类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李秋华		27	78	5.0	7.0
2	刘兆喆		4	0	0.0	0.0
3	鞠伶伟		4	14	2.0	3.0
4	汪天青		3	5	1.0	2.0