Rhodosporidiobolus odoratus菌株GZ2017中真菌病毒的分离和鉴定

• 作者: 刘红美 尚小丽 张婷婷 滕丽 蔡小姚
• 来源期刊: 农技服务
• 关键词: Rhodosporidiob olusodoratus 真菌病毒 RoTV1 基因组分析 分类鉴定
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 47-53
• 页数: 7页
• 语种: 中文

摘要

为Rhodosporidiobolus odoratus菌株中病毒的鉴定提供参考,从Rhodosporidiobolus odora-tus菌株GZ2017中,分离真菌病毒Rhodosporidiobolus odoratus Totivirus 1(RoTV1);获取并解析真菌病毒RoTV1的全长基因组序列;明确真菌病毒RoTV1的病毒学分类学地位.采用随机引物法扩增病毒的全长序列;使用接头引物扩增法获取病毒末端序列;获取的病毒片段通过DNAMAN软件进行拼接;序列同源性搜索使用NCBI网站的在线BLAST程序;使用MEGA7.0软件进行系统进化树的构建.结果表明:成功分离新型真菌病毒RoTV1,其携带3条病毒条带,分别为dsRNA1、dsRNA2和dsRNA3.获得RoTV1的全长基因组序列,其中,dsRNA1序列分析显示具有2个不连续的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),即ORF1和ORF2.ORF1和ORF2分别跟全病毒科(Totiviridae)全病毒属(Totivirus)真菌病毒编码的外壳蛋白(Coat Protein,CP)和RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp)具有较高的相似性.ORF1和ORF2之间间隔92个碱基.ORF2有可能通过1个由移码序列(GGAUUUU)启动的-1核糖体移码机制跟ORF1融合成1个大的融合蛋白.对dsRNA2和dsRNA3序列进行分析,未发现编码有意义的大ORF,无已知的蛋白质与dsRNA2和dsRNA3具有序列相似性.此外,dsRNA1、dsRNA2、dsR-NA3在菌株GZ2017中非常稳定和相互依赖,推测dsRNA2和dsRNA3可能是dsRNA1的卫星RNA(SatRNA).另外,基于RoTV1的RdRp和CP序列进行的系统发育分析表明,RoTV1属于Totiviridae科Totivirus属的新成员.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘红美	贵州医科大学生物与医学工程重点实验室	21	23	2.0	3.0
2	张婷婷	贵州医科大学生物与医学工程重点实验室	9	7	2.0	2.0
6	尚小丽	贵州医科大学生物与医学工程重点实验室	8	16	3.0	4.0
7	滕丽	贵州医科大学生物与医学工程重点实验室	3	0	0.0	0.0
11	蔡小姚	贵州医科大学生物与医学工程重点实验室	3	0	0.0	0.0