乳腺癌中靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA预测和验证的研究

• 作者: 凌存保 庄莹 杜欣娜 樊伟平 赵小芳
• 来源期刊: 重庆医学
• 学科: 医学
• 关键词: 高通量数据 8号染色体开放阅读框33 微小RNA 乳腺肿瘤
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 137-142
• 页数: 6页
• 分类号: R737.9
• 字数: 2729字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-8348.2020.01.029

摘要

目的 预测并初步验证乳腺癌中靶向抑制8号染色体开放阅读框33(C8orf33)基因表达的微小RNA(miRNA).方法 使用癌症基因组图谱(TCGA)高通量数据进行泛癌症分析,首次发现包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中C8orf33基因较正常组织高表达,使用该数据库进一步分析发现C8orf33基因在不同肿瘤组织中表达也有差异性.使用Oncomine对上述结果进行验证,Oncomine分析结果与TCGA高通量数据分析结果相一致.进一步通过starBase V2.0中PITA、clipExpNum和miRmap 3种软件预测可靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA,分析结果取交集.使用TCGA RNAseq数据库对分析交集结果进行验证,进一步确定miR-NA与C8orf33基因表达的相关性.结果 TCGA数据分析结果发现C8orf33基因在膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌和肺鳞癌组织中表达水平均高于正常组织.Oncomine验证结果发现C8orf33基因在包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中表达水平与正常组织不同,且在多种肿瘤组织中表达水平有差异.PITA、clipExpNum和miRmap软件进行预测并取交集获得9个miRNA,分别为:hsa-miR-370、hsa-miR-501、hsa-miR-502、hsa-miR-6131、hsa-miR-1294、hsa-miR-206、hsa-miR-328、hsa-miR-1321和hsa-miR-1-2.使用LinkedOmics网站访问TCGA数据库,分别验证预测所得的9个miRNA在乳腺癌组织中与C8orf33基因表达的相关性.分析结果发现hsa-miR-370与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.124,P=0.026)、hsa-miR-1294与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.116,P=0.001)、hsa-miR-1-2与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.108,P=0.003),其余miRNA与C8orf33基因表达均无相关性.结论 乳腺癌中hsa-miR-370、hsa-miR-1294和hsa-miR-1-2具有潜在靶向抑制C8orf33基因表达的功能,可为乳腺癌诊断治疗提供新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	凌存保	江苏医药职业学院基础医学部	5	1	1.0	1.0
2	樊伟平	江苏医药职业学院基础医学部	10	7	2.0	2.0
3	庄莹	江苏医药职业学院基础医学部	10	8	2.0	2.0
4	赵小芳	江苏医药职业学院基础医学部	11	7	2.0	2.0
5	杜欣娜	江苏医药职业学院基础医学部	4	0	0.0	0.0