局灶节段性肾小球硬化症中CD48加权基因共表达网络分析

• 作者: 施楠婧 马丽珍
• 来源期刊: 浙江临床医学
• 关键词: 局灶性节段性肾小球硬化 加权基因共表达网络分析 枢纽基因 数据挖掘
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1710-1713
• 页数: 4页
• 语种: 中文

摘要

目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建局灶节段性肾小球硬化症(FSGS)的枢纽基因网络,筛选与FSGS相关的枢纽基因.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载表达谱芯片GSE104948并获取FSGS和正常肾小球组织的基因表达谱,利用WGCNA构建FSGS的基因共表达网络模块,并筛选与FSGS发生相关性最高的模块,并对该模块内的基因进行GO和KEGG富集分析,从最有意义的GO分析项中构建共表达子网络,使用CytoHubba插件鉴定枢纽基因.同时使用Nephroseq芯片数据库验证枢纽基因的临床意义.结果 共获得16例FSGS和21例正常肾小球标本基因的数据,共筛选出5942个基因,8个共表达模块,其中brown模块被认为与FSGS显著相关,该模块中74个差异表达基因,包括68个上调基因和6个下调基因,对其进行富集分析,主要富集于炎症、细胞外基质和细胞因子相互作用等生物学方面.关键的枢纽基因为CD48基因.Nephroseq芯片数据库检测发现CD48在FSGS肾小球组织中表达上调且CD48表达与肾小球滤过率呈负相关.结论 利用WGCNA可识别与FSGS相关的枢纽基因,为FSGS的治疗提供新的潜在靶标.