骨关节炎差异表达基因的生物信息学分析

• 作者: 朱雨农 谷明西 郭林
• 来源期刊: 世界最新医学信息文摘（连续型电子期刊）
• 学科: 医学
• 关键词: 骨关节炎 差异基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（76）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 120-123
• 页数: 4页
• 分类号: R593.22
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-3141.2020.76.050

摘要

目的 通过生物信息学分析来筛选和验证出参与骨性关节炎的核心基因和相关的信号通路,并探索可能的分子机制.方法 GSE55457表达谱芯片下载自GEO(Gene expression Omnibus)数据库,该数据库包含46个样本,包括26个骨关节炎滑膜和20个正常匹配的滑膜.将原始数据进行整合后获得差异基因,并利用生物信息学的方法进行深入分析.通过DAVID在线生物信息学数据库对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路分析.通过STRING在线数据库对差异基因进行蛋白-蛋白互作网络分析.结果 以P<0.05和|log FC|>2为切分标准,共得到285个差异基因,有164个上调基因和121个下调基因.通过蛋白-蛋白互作网络分析,筛选出关键基因:VEGFA、APP、PXN、PRKACA、JUN、PRPN11、DNAJC3、MED1、TRA2B、NR4A1.通过通路分析,这些关键基因主要参与MAPK信号通路、破骨细胞分化信号通路和toll样受体信号通路等.结论 通过生物信息学分析,筛选出了骨关节炎的差异表达基因和相关信号通路,为骨关节炎的早期诊断和分子靶向治疗提供了一定的思路.