基于转录组的阿拉善地区多枝柽柳多态Genic-SSRs的识别与开发

• 作者: 张雅楠 黄蕾 李佳彬 张雷 党振华
• 来源期刊: 植物学报
• 关键词: Genic-SSR 多态性 转录组测序 多枝柽柳
• 年，卷（期）: 2021,（null）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 433-442
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11983/CBB20185

摘要

基因内部的简单重复序列(Genic-SSR)可在植物适应环境变化中发挥重要作用。通过对阿拉善5个样点多枝柽柳(Tamarix ramosissima)的转录组进行测序、组装和比较，经CandiSSR软件分析，共鉴定出代表157个基序类型的1 185个多态性Genic-SSR位点，位于1 123个转录本中。其中，三核苷酸重复序列(596， 50.30%)最多，其次是二核苷酸重复序列(486，41.01%)。定位分析表明，分别有411、239和163个Genic-SSRs位于相应基因的CDSs、5′UTRs和3′UTRs；78.47%的三核苷酸重复SSRs位于基因的CDSs，94.07%的二核苷酸重复SSRs位于基因的UTRs；在CDS中， AGC/GCT、AGG/CCT、AAG/CTT、CCG/CGG和ATC/GAT重复相对丰富，占所有Genic-SSRs的64.48%；AG/CT和AT/AT是UTRs中最丰富的重复类型，占UTR中所有Genic-SSRs的55.22%。功能注释表明，含有多态Genic-SSRs的基因可注释到多个与植物逆境应答相关的GO条目和KEGG通路中。在随机选取的15个多态性SSR位点中，14个被成功扩增，共检测到64个等位基因。遗传多态性估算表明，它们的期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态性信息含量(PIC)平均值分别为0.553、0.421和0.493，均属于中、高多态SSR标记，表明利用RNA-seq技术开发SSR标记可行。