高级别卵巢浆液性囊腺癌差异基因的生物信息挖掘

• 作者: 车莹莹 白米雪 卢坤 傅琳
• 来源期刊: 青岛大学学报（医学版）
• 关键词: 卵巢肿瘤 囊腺癌 浆液 计算生物学 基因本体 蛋白质相互作用图 预后
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 肿瘤学专题
• 页码范围: 19-24
• 页数: 6页
• 分类号: R737.31
• 语种: 中文
• DOI: 10.11712/jms.2096-5532.2021.57.003

摘要

目的 利用生物信息学的方法筛选高级别卵巢浆液性囊腺癌(HGSC)的差异表达基因(DEGs),并从基因水平挖掘这些DEGs在HGSC中发挥的潜在作用.方法 从GEO数据库中下载GSE10971、GSE14001、GSE18521、GSE27651、GSE12470数据集,运用R软件和Bioconductor安装包筛选HGSC组织中与正常组织相比上调的DEGs和下调的DEGs,对这些基因分别进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路分析,蛋白质相互作用(PPI)网络分析及预后生存分析,并运用网络分析插件(CytoHubba)筛选关键基因,最后通过Kaplan-Meier plotter数据库分析筛选出的关键基因的表达与HGSC病人生存预后的关系.结果 从GEO数据库中筛选出134个DEGs,其中94个上调DEGs作为细胞质的组成成分,与蛋白质二聚活性有关,参与细胞内代谢过程的调控和细胞周期的调控;40个下调DEGs主要以细胞外基质成分居多,并且大多具有poly(A)聚合活性,参与肿瘤信号通路的调控.筛选出的6个上调关键基因BUB1B、CENPF、BIRC5、UBE2C、ASPM、TOP2A与病人预后有显著相关性(r=0.87～1.55,P<0.05).结论 筛选出的DEGs参与了HGSC发生发展的分子功能,其中的关键上调基因BUB1B、CENPF、BIRC5、UBE2C、ASPM、TOP2A可能对H G S C的临床治疗及预后判断具有潜在的指导价值.