结合RNA-seq分析和QTL定位筛选甘蓝型油菜萌发期与铝毒胁迫相关的候选基因

• 作者: 王瑞莉 王刘艳 雷维 吴家怡 史红松 李晨阳 唐章林 李加纳 周清元 崔 翠
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 甘蓝型油菜 铝毒胁迫 转录组测序 QTL 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 2407-2422
• 页数: 15页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2021.04231

摘要

随着土壤酸化程度的加剧, 铝毒害已成为影响种子萌发质量和作物产量的重要胁迫因子之一。为研究铝毒对油菜种子萌发过程影响的分子机理, 本文采用RNA-seq技术对耐铝品系18D300和敏铝品系27011进行转录组分析, 共检测到9344个显著差异表达基因[log2(fold change)≥1和FDR≤0.05], 其中4406个DEGs基因上调, 4938个DEGs下调。GO富集分析发现, 差异表达基因主要与氧化反应、细胞碳水化合物代谢过程、转运蛋白活性等相关。KEGG富集分析表明, 差异表达基因主要富集于苯丙烷生物合成、淀粉和蔗糖代谢、MAPK信号通路-植物、植物-病原体相互作用、植物激素信号转导等途径。此外, 通过整合RNA转录组测序和铝毒胁迫下油菜萌发期根系相关性状的QTL定位结果, 共筛出44个差异表达基因(10个下调和34个上调), 这些基因主要与氧化应激、渗透调节、细胞壁修饰、转运蛋白、激素信号传导等功能有关。