4株手足口病相关柯萨奇病毒A4型的全基因组特征

• 作者: 王伟栋 贾光 宫金伶 柴青 苏志磊 张凤 史晓燕 汪照国
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 关键词: 手足口病 柯萨奇病毒A4型 系统发育 基因重组
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 50-55
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn112309-20200602-00285

摘要

目的:了解青岛地区流行的柯萨奇病毒A4型(CVA4)的全基因组特征。方法:选取2013—2015年间青岛地区流行的4株CVA4病毒，通过一步法RT-PCR对毒株进行全基因组扩增，采用MEGA7.0软件进行序列比对及系统进化分析，采用similarity plots 3.5.1软件进行基因重组分析。结果:进化分析显示：在全基因组、P1区、P2区及P3区系统进化树上：毒株HS312/QD/CHN/2013和HS605/QD/CHN/2014与国内早期分离株共处同一分支；毒株FY218/QD/CHN/2015与2013年江苏温州分离株CV-A4/P1033/2013/China一起在各基因进化树上形成一独立分支；毒株HS144/QD/CHN/2014在P1区进化树上与HS312/QD/CHN/2014、HS605/QD/CHN/2014及国内早期分离株共处同一分支，但在全基因组、P2区及P3区进化树上各形成单一分支。重组分析提示：毒株HS144/QD/CHN/2014与2013年大陆流行的CVA2型毒株CV-A2/P373/2013/China在2C区～3D区间(5 081～7 301)发生基因重组；毒株FY218/QD/CHN/2015与毒株CV-A4/P1033/2013/China同源，都与CVA2型分离株CV-A2/P373/2013/China在2A区～2B区间(3 821～4 161)发生基因重组。结论:青岛地区流行的CVA4在全基因组层面有明显的遗传多样性。