四川省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及流行病学研究

• 作者: 李文博 祁腾 曾林子 廖虹瑜 梁莹 杨军 何树森 杨小蓉 周兴余
• 来源期刊: 中国地方病防治杂志
• 关键词: 鼠疫 四川省 多位点可变数目串联重复序列分析
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Articles
• 页码范围: 7-10
• 页数: 4页
• 分类号: R516.8
• 语种: 中文

摘要

目的 使用多位点可变数目串联重复序列分析方法对四川省鼠疫耶尔森菌进行基因分型研究,为四川省鼠疫防控提供科学依据.方法 选用14+12分级分型方案对四川省历年分离的132株鼠疫菌进行PCR扩增并计算重复拷贝数,通过Bio Numerics对各位点重复数进行聚类分析.结果 四川省青海田鼠鼠疫自然疫源地菌株可被分为5个群9个基因型,再分型将占比最高的基因群分为3个亚群24个亚型;喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地菌株可被分为4个群14个基因型,再分型将占比最高的基因群分为3个亚群18个亚型.喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,甘孜州德格县鼠疫菌株VNTR与其他4处自然疫源地差异较大,但基因型相对保守.仅利用14个位点不能满足四川省鼠疫菌株分型需求,需结合12个位点再分型以提高分辨率或直接使用26个位点一并进行分析.结论 本次实验所获得的MLVA型与四川省鼠疫菌株生态型以及自然疫源地的空间分布吻合较好,存在明显的地区聚集性,利用其构建的数据库将对该省未来的鼠疫菌株进化及溯源研究提供技术支持.