基于原位Hi-C技术对人肝细胞癌细胞系PLC/PRF/5和正常人肝细胞系L02的三维基因组对比测序分析

• 作者: 胡昊麟 柴小强 王立勇 蔡加彬 蓝斐
• 来源期刊: 生物工程学报
• 关键词: 肝细胞癌 三维基因组 原位Hi-C 染色质拓扑结构域 染色质环
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 生物技术与方法
• 页码范围: 331-341
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13345/j.cjb.200293

摘要

肝细胞癌(Hepatocellularcarcinoma,HCC)的肿瘤发生是基因组突变和表观遗传修饰变化积累的结果,但是HCC发生过程中的三维基因组构造变化仍然缺乏研究.基于此,在人源HCC细胞系PLC/PRF/5和人源正常肝细胞系L02中进行了原位Hi-C分析,并辅以转录组测序以及SMC3/CTCF/H3K27ac的染色质免疫共沉淀测序分析,借此比较两细胞系的三维基因组差异.结果显示,相较于正常肝细胞系,在PLC/PRF/5中发生了显著的染色体结构区域(Compartment)转换、三维拓扑结构域(Topologically associating domains,TAD)滑动和染色质环(Loop)的变化.以上这些染色质空间结构的差异与HCC细胞系中肿瘤特异性基因表达和启动子开放性增高具有相关性.因此,在PLC/PRF/5细胞系中的染色质三维结构差异可能在HCC肿瘤发生的表观遗传学机制中具有重要作用.