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摘要:
目的 调查小双节RNA病毒(Picobirnavirus,PBV)在藏羚羊粪便中的携带情况,并对序列进行分析.方法 提取160份藏羚羊粪便样品总RNA,利用转录组测序得到藏羚羊PBV序列,并且采用巢式RT-PCR验证大于1 500 nt接近全长的序列.基于藏羚羊PBV的RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)氨基酸序列构建系统进化树;提取藏羚羊PBV起始密码子上游20个核苷酸,分析核糖体结合位点(ribosomal binding site,RBS)在5'非编码区(5'un-translated region,5'UTR)的分布情况.结果 转录组测序结合巢式RT-PCR得到7份藏羚羊粪便携带分节段(8条segment 1和13条segment 2)和不分节段PBV(1条不分节段的PBV).14条藏羚羊PBV RdRp核苷酸和氨基酸序列一致性为25.4%~97.7%和16.4%~98.2%.系统发育分析表明14条藏羚羊PBV序列处于分散分布,其中11条序列分散在基因Ⅰ群(geno-group Ⅰ,GⅠ),3条分散在基因Ⅱ群(genogroup Ⅰ,GⅡ),它们与亲缘关系最近的物种核苷酸和氨基酸序列一致性分别为52.3%~76.4%和50.9%~79.5%;藏羚羊与旱獭不分节段PBV分布于GⅡ中,核苷酸序列一致性为47.6%,氨基酸序列一致性为45.8%.经比对发现有13条藏羚羊PBV的5'UTR存在RBS.结论 藏羚羊是PBV潜在宿主之一,藏羚羊PBV序列具有高度遗传多样性.
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文献信息
篇名 青藏高原藏羚羊粪便携带小双节RNA病毒调查分析的研究
来源期刊 中国人兽共患病学报 学科
关键词 藏羚羊 小双节RNA病毒 转录组测序 核糖体结合位点
年,卷(期) 2021,(3) 所属期刊栏目 论著|Original Articles
研究方向 页码范围 197-202
页数 6页 分类号 R372
字数 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.1002-2694.2021.00.033
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研究主题发展历程
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藏羚羊
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转录组测序
核糖体结合位点
研究起点
研究来源
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相关学者/机构
期刊影响力
中国人兽共患病学报
月刊
1002-2694
35-1284/R
大16开
福建省福州市津泰路76号
34-46
1985
chi
出版文献量(篇)
6893
总下载数(次)
10
总被引数(次)
38474
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
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