基于WGCNA识别IgG介导的西红柿不耐受枢纽蛋白

• 作者: 张薇 孙琳 王玉鹏 刘美娜
• 来源期刊: 中国卫生统计
• 关键词: 加权基因共表达网络分析 共表达网络分析 IgG介导西红柿不耐受 枢纽蛋白
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 322-326
• 页数: 5页
• 分类号: R195.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3674.2021.03.001

摘要

目的 基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法识别IgG介导的西红柿不耐受相关蛋白质共表达模块及枢纽蛋白,为其发生机制研究提供依据.方法 收集IgG介导的西红柿不耐受患者及健康对照血清样本,使用DIA全扫描蛋白质组学定性定量技术获得蛋白质表达数据;利用WGCNA方法构建共表达网络,识别与IgG介导的西红柿不耐受相关的模块,并进行模块GO功能注释及KEGG通路富集分析;利用Cytoscape获得IgG介导的西红柿不耐受相关模块的枢纽蛋白.结果 获得IgG介导的西红柿不耐受相关的蛋白质模块两个,分别为blue模块和turquoise模块.blue模块与IgG介导的西红柿不耐受相关系数为-0.90;GO富集分析发现,该模块中蛋白主要参与脂蛋白重构、脂质代谢等相关生物过程以及蛋白质级联激活、补体激活等免疫调节过程;KEGG分析富集到5条通路,包括胆固醇代谢通路、PPAR信号通路、补体和凝血级联通路、类维生素A代谢和运输通路、维生素和辅酶因子代谢通路.turquoise模块与IgG介导的西红柿不耐受相关系数为0.72;GO富集分析发现,该模块主要与蛋白质级联激活、补体激活经典途径、体液免疫应答、受体介导的内吞,血小板脱颗粒、抗氧化活性等生物过程有关;KEGG分析富集到2条通路,补体和凝血级联通路、吞噬体通路.筛选出IgG介导的西红柿不耐受相关模块中的枢纽蛋白为APOA1、APOA4、APOC3、APOA2、APOC1、C3、HRG、FGB、HP、TF.结论 WGCNA方法进行IgG介导的西红柿不耐受蛋白质表达数据分析发现:脂质、胆固醇代谢等过程的改变可能是其发生的重要环节;获得的载脂蛋白类蛋白质及其他枢纽蛋白是其潜在关键调控蛋白;本研究从系统生物学的角度,为IgG介导的西红柿不耐受发生机制探索提供了依据和研究方向.