阿托伐他汀抗人乳腺癌的直接作用靶点的生物信息学分析

• 作者: 戴秋月 郎吉萍 吕萍 郭志刚
• 来源期刊: 暨南大学学报（自然科学与医学版）
• 关键词: 阿托伐他汀 人乳腺癌 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 临床医学
• 页码范围: 412-422
• 页数: 11页
• 分类号: R318.04
• 语种: 中文
• DOI: 10.11778/j.jdxb.2021.04.010

摘要

目的:利用生物信息学方法通过公共数据库预测并分析阿托伐他汀抗人乳腺癌的分子机制.方法:利用DrugBank搜索确认阿托伐他汀的直接作用蛋白靶点(DPTs);使用STRING在线构建阿托伐他汀DPTs间的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和KEGG信号通路;利用STRING构建阿托伐他汀的间接作用蛋白靶点(IPTs),并导入Cytoscape可视化,分析其PPI网络和KEGG信号通路,确定与肿瘤信号通路相关的IPTs;在cBioPortal数据库中,分析乳腺癌患者中IPTs的遗传改变,并用OncoPrint可视化;从GEO数据库下载2个乳腺癌表达谱芯片数据GSE5764、GSE21422,利用R4.0.3软件分析差异过表达基因,并通过取交集获得候选的差异表达基因(DEGs),利用David对DEGs进行基因ID转换;将STRING分析得到的阿托伐他汀IPTs与GEO得到的乳腺癌DEGs取交集,确定阿托伐他汀抗人乳腺癌的潜在靶点.结果:搜索DrugBank确定了5个阿托伐他汀的DPTs,利用STRING构建了114个阿托伐他汀IPTs,通过KEGG信号通路分析发现其中14个IPTs(ARNT、ARNT2、BCL2L1、CDKN1A、CREBBP、EP300、HDAC1、HDAC2、HSP90AA1、MDM2、NCOA1、NCOA3、RELA、TP53)与癌症的发生发展有关;利用cBioPortal数据库分析,这14个IPTs在乳腺癌的基因组改变包括基因扩增、错义突变、截断突变和纯合缺失等;对GEO数据库中2个乳腺癌表达谱芯片数据进行差异分析并取交集,共获得75个DEGs,其中表达上调的基因21个,表达下调的基因54个.将75个DEGs进行基因ID转换,获得29个DEGs,将29个DEGs与STRING分析得到的114个阿托伐他汀IPTs相互关联基因求交集,发现基因CCNA2可能是阿托伐他汀抑制乳腺癌的潜在作用靶点.结论:CCNA2可能是阿托伐他汀抑制人乳腺癌细胞的潜在作用靶点,可能通过影响细胞周期调控发挥抗肿瘤作用.