BRAF突变甲状腺乳头状癌机制的生物信息学研究

• 作者: 陈伟男 张艳明 李建春 刘阳 张海宇
• 来源期刊: 哈尔滨医科大学学报
• 关键词: BRAF突变 甲状腺乳头状癌 WGCNA 差异表达基因 驱动基因
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 257-262
• 页数: 6页
• 分类号: R736.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-1905.2021.03.008

摘要

目的 筛选BRAF突变型甲状腺乳头状癌驱动基因并阐述其机制.方法 从GEO数据库下载甲状腺乳头状癌mRNA表达量微阵列芯片数据.通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-ex-pression network analysis,WGCNA)包进行加权基因共表达分析,筛选出BRAF突变型甲状腺乳头状癌高风险基因.通过limmar包筛选出差异表达基因,并使用韦恩图筛选出高风险差异表达基因.高风险差异表达基因构建蛋白网络,进一步筛选出驱动基因.对高风险差异表达基因行功能通路富集分析和基因突变分析.结果 WGCNA分析获得16个基因模块,黄色模块与BRAF突变型甲状腺乳头状癌最相关,共筛选出181个差异表达基因和90个BRAF突变甲状腺乳头状癌差异表达高风险基因.ITPR1、IRS1、DSC3、ERBB3和RYR2等20个基因为BRAF突变甲状腺乳头状癌的驱动基因.BRAF突变甲状腺乳头状癌高风险差异表达基因富集在细胞桥粒、PI3K激活和钙离子信号通路等.RYR2、PRKG1和ERBB4在甲状腺乳头状癌中突变频率位于前三位.结论 筛选出了BRAF突变型甲状腺乳头状癌的驱动基因,为临床治疗策略选择及靶向药物开发提供了理论基础.