利用转录物组数据挖掘致脑膜炎大肠杆菌候选非编码RNA

• 作者: 孙昊 宋雅君 郑杨洋 刘郁涛 任薇 万雪花
• 来源期刊: 中国生物化学与分子生物学报
• 关键词: 非编码RNA 新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218(NMEC) 转录物组
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Research Papers
• 页码范围: 118-126
• 页数: 9页
• 分类号: Q93-3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13865/j.cnki.cjbmb.2020.11.1377

摘要

细菌非编码RNA(ncRNAs)是细菌生长和感染过程中至关重要的转录调控因子,对致病菌快速响应环境变化,调整自身基因表达抵御环境胁迫尤为重要.本研究通过对新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218的高通量转录物组测序,发现新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218(NMEC)表达丰富的ncRNAs.经生物信息学分析,在新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218中,共发现45个潜在的ncRNAs.通过与非致病性大肠杆菌K-12基因组比对,发现新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218基因组有300个大于100 bp的特异性序列.结合分析获得的非编码RNA,发现共有9个ncRNAs是新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218特异的.随机选择Nsr21,用小鼠尾静脉注射模型验证其作用,发现与野生型RS218对照组相比,注射Δnsr21的小鼠血液中的含菌量显著增加(P＜0.01).说明缺失Nsr21后,更有利于新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218在小鼠血液内生存和繁殖.通过qRT-PCR检测Nsr21表达发现,与体外培养环境相比,小鼠血液环境中Nsr21的表达显著下调(P＜0.001).说明新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218,是通过下调Nsr21的表达使其更有利于在血液中生存和繁殖.本研究提示,新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218基因组中包含大量的ncRNA,这些ncRNA可能与调控NMEC致病性相关.NMEC在感染血液过程中,通过下调Nsr21的表达使NMEC在血液中的繁殖能力增加.