基于高通量测序及公共数据库探索紫杉醇抑制T细胞淋巴瘤机制

• 作者: 李丝竹 姚奕斌 唐中源 石泽延 吴泽广 罗彬 彭志刚
• 来源期刊: 中国实验血液学杂志
• 关键词: T细胞淋巴瘤 紫杉醇 转录组测序 差异表达基因 计算生物学
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 淋巴瘤基础与临床|Lymphoma Basis and Clinic
• 页码范围: 741-750
• 页数: 10页
• 分类号: R733.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.19746/j.cnki.issn1009-2137.2021.03.015

摘要

目的:通过二代测序技术对紫杉醇作用下T细胞淋巴瘤细胞株Jurkat基因表达谱进行计算生物学分析,以在基因层面探讨紫杉醇抗T细胞淋巴瘤的可能分子机制.方法:采用CCK-8法确定紫杉醇作用于Jurkat细胞的IC50,应用二代测序技术获得紫杉醇作用Jurkat细胞后基因表达谱,同时从GEO数据库中筛出与人T细胞淋巴瘤相关的基因芯片数据(其中包括720例T细胞淋巴瘤和153例正常对照组织),结合测序数据结果二者取交集并筛选差异表达基因(DEG);使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定和可视化DEG的功能条目,并绘制DEG的蛋白质相互作用网络图.使用RT-qPCR验证基因的表达水平.结果:CCK-8结果显示紫杉醇对Jurkat细胞抑制率有明显的浓度依赖性;紫杉醇作用于Jurkat细胞48 h后进行转录组测序(RNA-seq),对RNA-seq和GEO芯片中的基因,以P＜0.05,|log2(FC)|≥1为DEG筛选标准,共发现351个DEG,其中包括323个上调基因,28个下调基因;GO功能注释及KEGG通路富集分析结果表明,紫杉醇抗T细胞淋巴瘤的作用主要富集在蛋白质异源二聚活动、核小体装配以及癌症中的转录失调信号通路等;RT-qPCR基因表达结果与测序结果一致,验证本次测序的可靠性.结论:紫杉醇可以通过上调JUN基因和孤儿核受体NR4A家族基因以及组蛋白家族基因来影响T细胞淋巴瘤的增殖和凋亡.