黄芩高通量转录组测序数据组装和分析

• 作者: 成媛媛 杨锋 牛二波 牛颜冰 王德富
• 来源期刊: 山西农业科学
• 关键词: 黄芩 转录组测序 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（8）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 1065-1072
• 页数: 8页
• 分类号: S567.23+9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2481.2016.08.04

摘要

采用高通量测序技术对黄芩的转录组进行测序,获得了29 099 899条reads数据,拼接后得到53 353条Unigene;将所获得的Unigene与COG,GO,KEGG,Swiss-Prot,NR这5个公共数据库进行比对,结果发现,分别有10 756,21 950,8 101,20 339,29 288条Unigene可比对到以上5个数据库中;已注释的Unigene与COG数据库比对后按功能可分为25类;根据GO功能可分为三大类57个亚类;经过与KEGG数据库比对后按照代谢通路可分为116类;利用GetORF软件进行ORF预测,获得长度大于300 nt的ORF共20 552个;通过SSR分析,共获得5 658个SSR标记.获得的转录组信息可为今后进行黄芩分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	牛颜冰	山西农业大学生命科学学院	67	236	8.0	13.0
2	王德富	山西农业大学生命科学学院	26	79	5.0	8.0
3	杨锋	山西农业大学生命科学学院	3	2	1.0	1.0
4	牛二波	山西农业大学生命科学学院	3	5	2.0	2.0
5	成媛媛	山西农业大学生命科学学院	2	5	2.0	2.0