基于高通量转录组测序的斑重唇鱼SSR分布及序列特征分析

• 作者: 葛锐 强壮 聂竹兰 李丽 魏杰
• 来源期刊: 南方农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 斑重唇鱼 转录组测序 SSR 序列特征 重复基元
• 年，卷（期）: 2024,（3）
• 所属期刊栏目: 专题：转录组测序
• 页码范围: 166-174
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

【目的】基于高通量转录组测序分析斑重唇鱼SSR分布及序列特征，为斑重唇鱼SSR分子标记开发、遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子辅助育种提供理论数据。【方法】使用Illumina NovaSeq高通量测序平台对斑重唇鱼皮肤组织进行转录组测序，利用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装，再用MISA对筛选得到的1 kb以上的Unigenes进行SSR分布及序列特征分析。【结果】斑重唇鱼转录组共获得244.42 Gb Clean data，组装后获得55182条Unigenes，其中8903条Unigenes含有SSR位点，含有SSR的Unigenes比例为16.13%，共含有12899个SSR位点，从中除去616个复合型SSR位点，共获得12283个完美型SSR位点，存在单核苷酸～六核苷酸6种重复基元类型，其中单核苷酸重复基元数目最多，为6654个，占比为54.17%，二核苷酸～六核苷酸随着核苷酸重复数的增多依次减少，分别是32.30%、12.04%、1.38%、0.07%和0.03%。斑重唇转录组中共有348种不同重复基元，其中最丰富、种类最多的是三核苷酸重复基元，共有145种；单核苷酸是数量最多重复基元类型，其重复基元数量最多的是（A）10型。SSR的长度范围较大，为10～75 bp，总长度为157088 bp,SSR相对丰度为0.19%，其中长度为10 bp的SSR数量最多，有3232个，占比为26.31%；其次是12、11和14 bp，占比分别为21.73%、12.02%和10.06%。【结论】斑重唇鱼转录组中SSR位点数量多，出现频率较高，多态性较好，可用来开发斑重唇鱼类分子标记，且不同核苷酸重复基元类型数量差异较大，且分布特征差异明显。