基于454 GSFLX高通量测序的芒果微卫星标记特征分析

• 作者: 应东山 张如莲 李莉萍 王明 王琴飞 黄建锋
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 芒果 454 GSFLX高通量测序 SSR标记 文库构建法 多态性
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1745-1749
• 页数: 5页
• 分类号: S667.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2015.10.1745

摘要

[目的]研究芒果基因组SSR的总体特征,开发芒果SSR标记,为SSR标记在芒果种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础.[方法]利用新一代454 GSFLX高通量测序技术结合SSR文库构建法,得到19611条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得8831条SSR.利用Primer 5.0软件设计SSR引物,并以筛选的引物对24份芒果种质进行多样性分析.[结果]在芒果SSR中,二核苷酸(5980个SSR)和三核苷酸(2451个SSR)占主导地位,所占比例分别为67.85％和27.81％;出现频率最高的二核苷酸重复基元是AC/GT,占总数的17.94％,出现最高的三核苷酸重复基元为TTC/GAA,占5.07％.随机选择50个SSR位点合成引物,经24份芒果种质筛选鉴定,21对引物可扩增获得产物,有效扩增率为42.00％;其中17对引物表现出良好多态性,占有效引物的80.95％,占总引物的34.00％.在17对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数2～12个,产生的多态性片段为2～7个,多态性比例为50％～100％.[结论]454 GSFLX高通量测序开发SSR引物有较好的实用性,开发获得的17个具有多态性的芒果SSR标记可用于研究芒果及其相关近缘物种的遗传变异.