利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达

• 作者: 曾地刚 谢达祥 赵永贞 陈晓汉 陈秀荔 黎铭
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 凡纳滨对虾 IHHNV 差异表达基因 转录本数目(RPKM) 高通量测序技术
• 年，卷（期）: 2013,（11）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 1899-1903
• 页数: 5页
• 分类号: S945.46
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.11.1899

摘要

[目的]研究传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHH-NV)感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考.[方法]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene(单一基因序列),通过计算各unigene的转录本数目(RPKM)确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达.[结果]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条tmigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因.经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠.[结论]IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈晓汉		62	510	10.0	20.0
2	陈秀荔		21	62	5.0	6.0
3	谢达祥		17	252	7.0	15.0
4	赵永贞		14	34	4.0	5.0
5	黎铭		11	47	5.0	6.0
6	曾地刚		38	368	13.0	17.0