疣吻沙蚕转录组SSR位点鉴定及特征分析

• 作者: 杨尉 司圆圆 许瑞雯 陈兴汉 阳江职业技术学院
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 疣吻沙蚕 转录组 简单重复序列(SSR) 重复基序 分布特征
• 年，卷（期）: 2024,（9）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术与遗传育种
• 页码范围: 101-111
• 页数: 11页
• 语种: 中文

摘要

【目的】鉴定疣吻沙蚕转录组中简单重复序列（SSR）位点，并分析其分布规律，为该物种多态性SSR分子标记的高效开发提供理论依据。【方法】利用高通量测序技术获得疣吻沙蚕的转录组数据，经过滤、组装后使用MISA搜索鉴定SSR位点，分析其序列特征及分布规律，初步验证SSR引物的有效性，并对有效扩增引物进行多态性分析。【结果】从转录组数据组装获得79420条Unigenes，总长度为104411064 bp,N50值和N90值分别为1902和331 bp。从79420条Unigenes中鉴定到9932个SSR位点，分布在8707条Unigenes上，其中1029条至少包含1个SSR位点，SSR出现频率为8.49%，发生频率为7.43%，丰度为58.85个/Mb（未计入单核苷酸重复）。SSR重复类型共133种，重复次数为4～26次，主要集中在4～15次，长度≥20 bp的SSR约占SSR总数的20%。SSR优势重复基序为二核苷酸、单核苷酸和三核苷酸，发生频率分别为40.29%、32.12%和21.76%，其中二核苷酸重复基序以AT/TA为主，占比79.88%，单核苷酸和三核苷酸分别以A/T和AGC/GCT为主，占比分别为65.92%和29.06%。SSR位点以中等多态性的Ⅱ型为主，共有7296条，占SSR总数的80%，而高度多态性的Ⅰ型有1813条，占SSR总数的20%。筛选到11对多态性引物，每对引物平均产生3.73个多态性片段。【结论】疣吻沙蚕转录组SSR类型丰富，且具有较高的多态性，可用于SSR分子标记开发，对其种质资源评价与保护利用、种群遗传学及分子育种研究等具有实用价值。