黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发

• 作者: 安巍 尹跃 曹有龙 樊云芳 王亚军 赵建华
• 来源期刊: 浙江农林大学学报
• 关键词: 林木育种学 黑果枸杞 转录组 简单重复序列(SSR)
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 422-428
• 页数: 7页
• 分类号: S722.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.02.025

摘要

分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记.采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73896个SSR位点,分布于56170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36％,平均分布距离为3.55 kb.优势重复基序为单核苷酸、 二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33％,13.30％和11.81％;共发现84种重复基序,重复次数为5～33次,其中出现频率最高的基序为A/T,AG/CT,AT/AT,C/G和AAC/GTT.针对SSR位点设计了12674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8％)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个.平均主效等位基因频率、 观察杂合度、 期望杂合度和多态信息量分别为0.432,0.439,0.712和0.678.以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王亚军	宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心	28	233	8.0	14.0
2	安巍	宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心	41	338	10.0	16.0
3	赵建华	宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心	24	209	8.0	14.0
4	曹有龙	宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心	51	320	10.0	14.0
5	樊云芳	宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心	7	29	4.0	5.0
6	尹跃	宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心	18	78	5.0	8.0