卵形鲳鲹基因组调研及其SSR分子标记的开发应用

• 作者: 余艳玲 张永德 文露婷 杜雪松 林勇 罗洪林 韦孜娜 黄姻
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 卵形鲳鲹 基因组 核苷酸重复基元 SSR分子标记 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 优秀青年学者论坛
• 页码范围: 983-994
• 页数: 12页
• 分类号: S965.331
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.05.001

摘要

[目的]通过高通量测序技术调研卵形鲳鲹基因组数据并开发SSR分子标记,为卵形鲳鲹全基因组测序与组装、种质资源保护利用及良种选育提供技术支撑.[方法]通过Illumina Hiseq 2500测序平台对卵形鲳鲹基因组进行调研,采用K-mer方法对基因组大小、杂合率、G+C含量及序列重复性等进行分析,从调研数据中分析SSR的分布特征,筛选出多态性SSR位点,并对卵形鲳鲹养殖群体进行遗传多样性分析.[结果]卵形鲳鲹基因组大小为642.68 Mb,杂合率为0.31％,重复序列比例为30.19％,G+C含量为41.45％,提示卵形鲳鲹基因组为简单基因组.基因组初步组装结果显示,Contig总长度为627.23 Mb,N50、N90分别为8.21和1.71 Mb;Scalffold总长度为628.19 Mb,N50、N90分别为10.19和2.04 Mb.从卵形鲳鲹基因组调研数据中共检测出190121条SSR序列,SSR序列分布密度为295.8条/Mb.在所有SSR序列中,以二核苷酸重复基元最多(115557条),占60.78％;其次是三核苷酸重复基元(54839条),占28.84％;六核苷酸重复基元最少(1172条),占0.62％.在二核苷酸重复基元中以TG和AC的重复数较多,分别占二核苷酸重复基元总数的22.99％和21.76％.从合成的50对SSR引物中筛选获得29对多态性SSR引物,采用这29对SSR引物对卵形鲳鲹群体进行遗传多样性分析,结果发现29个SSR位点共检测到98个等位基因,其有效等位基因数(Ne)为1.3998～3.9123(平均为2.6690),期望杂合度(He)为0.2856～0.7444(平均为0.5965),多态信息含量(PIC)为0.2647～0.6968(平均为0.5195);在29个SSR位点中,高度多态性位点(PIC>0.50)有15个,其余14个为中度多态性位点(0.25<PIC≤0.50),说明卵形鲳鲹群体遗传多样性较丰富.[结论]卵形鲳鲹基因组为简单基因组,利用基因组调研数据可实现SSR分子标记大规模开发,且新开发的SSR分子标记可用于卵形鲳鲹群体遗传多样性分析.