黄麻全基因组SSR鉴定与特征分析

• 作者: 姚嘉瑜 张立武 赵捷 徐益 祁建民 张列梅
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 黄麻 基因组 cDNA SSR
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 10-17
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2019.84072

摘要

黄麻是世界上重要的天然韧皮部纤维作物之一。然而，SSR标记的缺乏限制了黄麻的遗传改良。本研究从圆果种黄麻测序品种CVL-1的基因组、基因、CDS和cDNA中挖掘SSR信息，利用SSRPrimer软件查找SSR位点，并分析其分布特征。结果表明，基于基因组序列共开发了153，242个基因组SSR，平均密度为467.20个SSRMb–1;基于cDNA序列开发了10，747个SSR，平均密度为260.85SSRMb–1。大部分重复基元为二至四核苷酸，占76.91%，其中cDNA序列SSR中三核苷酸重复基元数量较多而基因组SSR中二核苷酸重复基元数量较多。对于不同类型的SSR重复基元，随着重复单元数量的增加，其基因组和cDNA的SSR分布频率呈现逐步降低特征。黄麻全基因组SSR标记鉴定，不仅可以丰富黄麻分子标记的数量，而且为剖析黄麻重要农艺性状的遗传机制奠定基础。