绒毛状烟草基因组中SSR位点的信息分析

• 作者: 孙玉合 晁江涛 李凤霞 王卫锋 王鲁 陈雅琼 龚达平
• 来源期刊: 中国烟草科学
• 关键词: 绒毛状烟草 简单重复序列 基元
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 32-35,40
• 分类号: TS413
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-5119.2011.03.007

摘要

通过SSRHNDER软件搜索绒毛状烟草基因组DNA,设置条件是重复单元长度2～5 bp,重复次数10～60,共找到6441个SSR位点,涉及5 227个Scaffold,SSR序列总长为303 963bp,约占全基因组的0.12‰,即绒毛状烟草基因组中平均每400 kb会出现一个SSR位点.在所有SSR位点中,二、三碱基重复基元分别占总数的45.2%和49.6%,重复单元的重复次数10～20之间的SSR位点占总数的74.6%.