绒毛状烟草和林烟草全长cDNA文库构建及EST序列分析

• 作者: 孙榕 孙玉合 解敏敏 陈明丽 龚达平
• 来源期刊: 中国烟草科学
• 关键词: 烟草 cDNA文库 EST SNP SSR
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 9-16
• 页数: 8页
• 分类号: S572.03
• 语种: 中文
• DOI: 10.13496/j.issn.1007-5119.2018.05.002

摘要

表达序列标签(EST)广泛应用于基因功能研究和分子标记开发.以普通烟草两个二倍体祖先种绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis,TT)和林烟草(Nicotiana sylvestris,SS)多个组织为试验材料,使用CloneMiner cDNA文库构建方法构建了均一化全长cDNA文库,测序并进行序列拼接、功能注释、进化分析和标记开发.绒毛状烟草和林烟草均一化全长cDNA文库容量分别为0.72×106和1.12×l06 pfu/mL,重组率分别约为94％和93％,插入片段平均长度为1.4 kb.测序获得20 953条EST序列,拼接为10 504个unigenes.与普通烟草EST序列混合拼接,产生34 450条contigs,123 511条singletons,烟草异源四倍体中T和S基因与绒毛状烟草、林烟草之间的相似性远高于两个二倍体祖先种之间.预测获得104 915个编码序列,其中73 670个序列包含功能结构域,81％unigenes在番茄中具有同源基因.鉴定了11 869个微卫星位点(SSR)和25 209个单核苷酸多态性位点(SNP).这些数据信息对于烟草基因功能研究和分子育种具有重要价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈明丽	中国农业科学院烟草研究所	7	26	3.0	5.0
2	孙玉合	中国农业科学院烟草研究所	18	224	5.0	14.0
3	解敏敏	中国农业科学院烟草研究所	5	35	3.0	5.0
4	龚达平	中国农业科学院烟草研究所	13	44	3.0	6.0
5	孙榕	中国农业科学院烟草研究所	2	3	1.0	1.0