干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库构建及EST序列分析

• 作者: 何海波 曹辉庆 李杨瑞 潘有强 罗海斌 邓智年 郭元元 魏源文
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: cDNA文库 甘蔗 根系 表达序列标签 测序
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 733-737
• 分类号: S566.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2012.06.733

摘要

[目的]构建甘蔗根系全长cDNA文库,并进行测序,为分离克隆甘蔗抗旱候选基因奠定基础.[方法]在干旱胁迫条件下,以新台糖22号甘蔗根系为材料,采用SMART技术构建cDNA文库,并进行EST序列分析.[结果]文库构建质量鉴定结果显示,文库库容量为1.0×106 PFU/mL,重组率约95％,文库插入片段长度在500～2000 bp,平均长度约1102.1 bp.挑选526个阳性克隆进行单向测序后,共获得523个ESTs序列,去除载体、接头序列以及长度低于100 bp的序列后,进行聚类分析并组装,共得到468个Uni-ESTs,其中congtig 29个,singlets 439个,分别占总数的6.5％和93.5％.通过与NCBI非冗余蛋白库进行BLASTX比对,发现444个Uni-ESTs在GenBank有同源序列,占94.87％;获得24个未知蛋白功能基因,占5.13％.[结论]构建了干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库,获得523个ESTs序列和468个Uni-ESTs,并获得一批新的未知蛋白功能基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李杨瑞		79	1683	21.0	38.0
3	魏源文		32	234	8.0	13.0
4	邓智年		19	134	7.0	11.0
5	潘有强		10	48	4.0	6.0
6	罗海斌		3	25	2.0	3.0
7	曹辉庆		7	50	4.0	7.0
8	郭元元		2	25	2.0	2.0
9	何海波		2	25	2.0	2.0