普通烟草及其祖先种基因组SSR位点分析

• 作者: 焦芳婵 童治军 肖炳光
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 绒毛状烟草 林烟草 普通烟草 基因组 SSR位点
• 年，卷（期）: 2015,（11）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种?种质资源?分子遗传学
• 页码范围: 2108-2117
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.11.003

摘要

【目的】普通烟草（N. tabacum，2n=24Ⅱ=48 TTSS）及其2个祖先种-绒毛状烟草（N. tomentosoformis，2n=12Ⅱ=24 TT）和林烟草（N.sylvestris，2n=12Ⅱ=24 SS）基因组SSR位点信息的统计分析，有助于烟草属植物的遗传分析。【方法】从公共数据库NCBI（National Center for Biotechnology Information）中下载上述3个烟草基因组数据，应用SSRIT和TRF软件分析其各自SSR位点分布特征，每个基因组随机合成50对SSR引物扩增多态性。【结果】在绒毛状烟草基因组、林烟草基因组和普通烟草基因组中分别获得218081、263478和397432个SSR总位点，其间的平均距离分别为7.52、7.78和9.06 kb。绝大部分的SSR位点分布在内含子和UTR（尤其是5′-UTR）区域；以2核苷酸和3核苷酸类型为主，占基因组内SSR位点总数目的2/3以上，其中，2核苷酸类型丰度最高；含有A(T)n基序结构的频率及数量最高；除单核苷酸类型外，重复次数多在3—10。150对合成的引物对8个烟草种DNAs进行PCR反应，所有材料均能扩增出清晰稳定的目标片段，其中36对引物显示多态性。【结论】绒毛状烟草、林烟草和普通烟草基因组内SSR呈现一定的分布特征，表明SSR位点在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性。