灵芝基因组SSR位点分布与分析

• 作者: 唐传红 唐川 唐庆九 张劲松 徐凯 杨焱 王天娇 赵明文
• 来源期刊: 上海农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 灵芝 SSR 分布 位点分析
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 32-37
• 页数: 6页
• 分类号: S567.31|S188
• 字数: 3546字
• 语种: 中文

摘要

旨在通过对灵芝基因组SSR位点的统计分析,为担子菌基因组的特征描述、遗传分析及分子标记的筛选提供基础信息.基于数据库中灵芝基因组数据,通过SSR Hunter 1.3软件并结合人工查找的方式分析其SSR数量、组成和位点分布等情况.结果表明:灵芝基因组序列总长度为4.19×107bp,13条染色体共存在3 502个SSR位点,SSR碱基总长度为6.92×104 bp,占基因组总数的0.17％,平均每隔11.96 kb存在1个SSR位点,三碱基和六碱基SSR所占比例最大,占基因组内SSR位点总数的74.62％,出现较多的基序为(G)n、(C)n、(GA)n、(CT)n、(GAC)n、(TCG)n、(TAATC)n和(GATGAG)n;三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸SSR在染色体水平上分布较均匀,而单核苷酸、二核苷酸和四核苷酸SSR分布差异较大.灵芝基因组内SSR分布呈现一定的规律性,基于基因组数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记的开发提供信息,并有助于灵芝高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能的研究等.