玉米丝黑穗病菌基因组SSR信息分析及其引物设计

• 作者: 李新凤 王建明 王雪梅 路平
• 来源期刊: 山西农业大学学报(自然科学版)
• 关键词: 玉米丝黑穗病菌 基因组 SSR 引物设计
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 页码范围: 454-461
• 页数: 8页
• 分类号: S435.131.4+2
• 语种: 中文

摘要

探讨玉米丝黑穗病菌（Sporisorium reilianum）基因组序列中 SSR 位点的分布与组成特点，为开发可用于玉米丝黑穗病菌遗传多样性分析的 Genomic‐SSR 标记奠定基础。从 NCBI 公共数据库下载玉米丝黑穗病菌的23条染色体基因组序列，利用 SSRIT 在线软件对第4、5、6、7条染色体进行 SSR 位点的搜索，并且利用 Primer 3.0软件设计Genomic‐SSR 引物。结果表明：在玉米丝黑穗病菌基因组序列的第4、5、6、7条染色体中，共搜索到317个 SSR 位点，平均每条染色体出现79个 SSR 位点，其总长度为6.89 kb ，占这四条染色体基因组总长的0.21％，大约每10.3 kb 中就有一个大于18 bp 的 SSR 序列。其中，主要的重复类型是三核苷酸重复单元，占全部 SSR 的53.94％（171个），其次为二核苷酸重复单元，占全部 SSR 的16.09％（51个）。数量最少的是六碱基重复单元，为17个（5.36％）。出现频率最高的的重复基序为（GCA ／TGC）n（13.25％），其次是（AGC／GCT ）n 和（CAG／CTG）n ，出现频率分别为8.52％、8.20％。并在此基础上，利用 Primer3.0在线软件设计了40对 SSR 引物。玉米丝黑穗病菌基因组序列中 SSR 位点丰富，具有发掘玉米丝黑穗病菌 SSR 标记的潜力。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李新凤	山西农业大学农学院	39	233	10.0	13.0
2	王建明	山西农业大学农学院	101	1111	19.0	29.0
3	王雪梅	山西农业大学农学院	2	4	1.0	2.0
4	路平	山西农业大学农学院	3	22	2.0	3.0