苹果基因组SSR位点分析与应用

• 作者: 乔玉山 关玲 刘艳红 王三红 王新卫 章镇 薛华柏
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果 基因组 SSR 应用
• 年，卷（期）: 2011,（21）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 4415-4428
• 分类号: S661.1
• 语种: 中文

摘要

[目的]通过对‘金冠’苹果基因组SSR位点的统计分析,为蔷薇科果树应用SSR分子标记进行高通量的遗传分析提供理论与实践基础.[方法]运用NCBI数据库中‘金冠’苹果基因组数据,分析其SSR位点分布情况,并根据SSR位点的搜索结果,设计68对引物(每条染色体设计4对),利用苹果品种对所设计引物进行应用性验证并利用梨杂交群体进行通用性检测.[结果]苹果基因组中SSR序列主要是完全重复型,17条染色体共存在1 63 426个SSR位点,平均每隔3.22 kb存在1个.单核苷酸至三核苷酸重复基序在染色体水平上分布较均匀,而四核苷酸至六核苷酸重复基序的分布差异较大.单核苷酸与二核苷酸重复基序所占比例最大,两者占基因组内SSR位点总数的91.67％,单核苷酸重复基序主要以A/T重复为主,二核苷酸的重复基序主要以AT/TA重复为主.在苹果品种中验证所设计的68对引物,有62对可以扩增出预期目的片段,37对存在扩增多态性.在梨杂交群体上应用所设计的68对引物,有40对具扩增目的片段,其中16对具扩增多态性.[结论]苹果基因组内SSR分布呈现一定的规律性,初步验证SSR位点在亲缘关系较近的物种间高度保守并可以通用,基于基因组数据发掘SSR位点用于后续的相关遗传研究具有可行性.