普通烟草SBP转录因子家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析

• 作者: 刘成 李晓旭 苏玉龙 郭永峰
• 来源期刊: 中国烟草科学
• 关键词: 生物信息学分析 SBP转录因子家族 普通烟草
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 1-11
• 页数: 11页
• 分类号: S572.01
• 语种: 中文
• DOI: 10.13496/j.issn.1007-5119.2015.04.001

摘要

SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能，广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利用普通烟草（Nicotiana tabacum）TN90基因组数据，通过隐马尔科夫模型检索，SMART和Pfam分析，鉴定了普通烟草SBP转录因子家族成员；通过多序列比对鉴定并分析了普通烟草 SBP 结构域的结构特征；通过邻接法、极大似然法进行了系统发育分析；分别利用 GSDS 和 MEME 对 SBP 转录因子家族成员的基因结构和蛋白保守结构域进行了分析；利用普通烟草TN90转录组数据分析了SBP转录因子家族成员在不同组织和时期的表达情况，并对鉴定出的SBP转录因子家族成员进行了GO注释分析。结果表明，普通烟草基因组编码32个SBP转录因子家族成员，氨基酸序列长度差异较大；系统发育分析表明，所有的SBP转录因子家族成员可分为8个亚家族。转录组数据显示，SBP基因家族成员在不同组织和时期中表达迥异，但在花器官中均有较高的表达量。GO注释结果表明，该家族成员作为转录因子，在植物的生长发育、逆境响应等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中SBP转录因子家族基因的鉴定和功能研究提供了基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘成	中国农业科学院烟草研究所	15	52	3.0	7.0
5	李晓旭	中国农业科学院烟草研究所	5	9	2.0	3.0
9	苏玉龙	中国农业科学院烟草研究所	1	6	1.0	1.0
13	郭永峰	中国农业科学院烟草研究所	5	10	2.0	3.0