基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析

• 作者: 严莉 乔改霞 李健 王翠平 陈建伟
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 黑果枸杞 转录组测序 MYB家族 分层聚类分析 表达模式
• 年，卷（期）: 2017,（20）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 3991-4002
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.20.013

摘要

[目的]MYB基因家族是植物中最大的一类转录因子家族,广泛参与植物的生长发育和代谢调控过程.目前仍没有针对枸杞等木本作物MYB转录因子家族的系统分析.基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞MYB基因家族,可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考.[方法]基于黑果枸杞转录组测序(RNA-Seq)数据,利用NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞MYB基因进行筛选注释;利用Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0软件进行保守结构域、亚细胞定位和系统进化等生物信息学分析.基于转录组数据分析MYB基因在黑果枸杞果实不同发育期的差异表达模式,并采用荧光定量PCR方法进行验证.[结果]基于转录组测序数据,注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,根据结构特性将其分为4大类:R2R3-MYB、1R-MYB、3R-MYB和4R-MYB.结构域分析表明:R2R3-MYB类转录因子的R2 MYB基序中包含3个极度保守的色氨酸残基,R3 MYB基序中的第一个色氨酸残基被疏水氨基酸替代.比较分析黑果枸杞MYB家族和拟南芥MYB家族共同构建的进化树发现,黑果枸杞的MYB家族在进化上包括3个大类,6个亚类.亚细胞定位预测结果显示,44个MYB转录因子定位于细胞质中,37个定位于细胞核中.基于转录组数据的MYB差异表达模式分析表明,黑果枸杞MYB基因可能参与了果实不同发育时期花青素变化的调控;基于荧光定量PCR的差异表达数据进一步验证了部分MYB转录因子在果实不同发育时期的花青素合成中可能起到调控作用.[结论]黑果枸杞MYB基因家族注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,为进一步研究MYB家族的基因结构和生物学功能奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	乔改霞	宁夏林业研究院种苗生物工程国家重点实验室	8	28	3.0	5.0
2	李健	宁夏林业研究院种苗生物工程国家重点实验室	18	158	7.0	12.0
3	王翠平	宁夏林业研究院种苗生物工程国家重点实验室	11	26	3.0	5.0
4	陈建伟	宁夏林业研究院种苗生物工程国家重点实验室	8	26	3.0	5.0
5	严莉	宁夏大学生命科学学院	6	58	4.0	6.0